申请环境工程水污染防治工程设计专项乙级资质的办理流程大致如下：
自我评估与准备：
确认企业符合申请资质的基本条件，如独立法人资格、良好的社会信誉、足够的注册资本等。
根据资质要求，评估企业现有的技术人员配置是否达标，包括注册工程师和中级以上职称人员的数量与专业要求。
人员配置与注册：
雇佣或调配符合资质标准的专业技术人员，包括但不限于注册环保工程师、注册给排水工程师、环保高级工程师、环境中级工程师等。
确保所有注册人员的执业资格有效，完成相应的注册手续。
资料准备：
收集并整理企业基本信息资料，包括营业执照、公司章程、法人代表身份证明等。
准备技术人员的个人资料，包括身份证、学历证书、职称证书、执业注册证书、工作经验证明等。
编制企业近年来的财务报表、业绩案例、质量管理体系文件等。
网上申报：
登录相关建设行政主管部门的官方网站，完成在线注册并填写资质申请表格。
按照网站指引上传所有准备好的电子版材料。
提交书面材料：
将网上提交的电子材料打印出来，按照要求装订成册。
将纸质材料提交至企业注册所在地的建设行政主管部门或指定的资质审批机构。
资质审核：
审批机构将对提交的材料进行初审，可能会有反馈意见需要企业补充或更正材料。
通过初审后，可能需要参加现场核查或面试，以进一步验证企业实际状况。
审批与公示：
经过全面审核，审批结果将被公布。如果申请成功，企业的名称及资质详情将在官方网站上公示。
领取资质证书：
公示期满无异议后，企业可以领取环境工程水污染防治工程设计专项乙级资质证书。
后续管理：
持续维护资质，包括按规定参加年检、及时更新技术人员信息、保持良好的信用记录等。
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